L'art. 3 de "l'Ordonnance du Conseil des EPF sur les établissements de recherche du domaine des EPF" définissait en 2003 la mission du WSL (ici nommé "FNP") dans les termes suivants:

1. "Le FNP s’occupe du développement territorial durable, notamment du développement des régions de montagne et des agglomérations, dans les domaines suivants:
   1. recherche sur les paysages;
   2. écologie et gestion forestière;
   3. dangers naturels et gestion intégrale des risques;
   4. neige, glace et avalanches, ainsi que permafrost.
2. En tant que centre de compétence, le FNP fournit, dans la mesure de ses moyens,
   les prestations suivantes:
   1. il assure le service national d’alerte en cas d’avalanches et informe le public
      sur les dangers d’avalanche;
   2. il gère le centre pour la santé de la forêt suisse conformément à l’art. 30,
      al. 2, de l’ordonnance du 30 novembre 1992 sur les forêts;
   3. il assure le suivi scientifique et technique de la protection des végétaux
      forestiers conformément à l’art. 44 de l’ordonnance du 28 février 2001 sur la
      protection des végétaux."

Les mandats de prestations confiés par le Conseil fédéral au domaine des EPF sont renouvelés tous les quatre ans. Une partie de ces prestations sont reprises par la convention d'objectifs entre le domaine des EPF et le WSL. Cette convention d'objectifs complète et concrétise les missions définies par l'ordonnance ci-dessus.

Le WSL appartient au domaine des EPF et doit à ce titre allier recherche de pointe et recherche au service de la société, notamment pour la Suisse. Par ailleurs, pour remplir ses missions, il doit non seulement associer le suivi à long terme de l'environnement (monitoring) mais aussi être en mesure de réagir à l'évolution de la recherche et de la société. Le WSL est fier d'avoir trouvé et de maintenir un équilibre entre continuité et flexilité, d'une part, et entre une recherche d'excellence et ses applications pratiques, d'autre part.

La mission du WSL

• Une recherche au service de l'homme et de l'environnement