Verschiedene Erreger können bei Waldbäumen Krankheiten verursachen. Viele davon sind mikroskopisch klein und ein Befall zeigt sich oft nur durch die äusseren Symptome. Dementsprechend  schwierig ist ihre Bekämpfung im Wald.

Pilze sind die wichtigsten Erreger von Waldkrankheiten. Daneben können aber auch Bakterien, Nematoden, Phytoplasmen oder Viren Bäume schädigen. Viele Krankheitserreger sind einheimisch (z.B. der Hallimasch), die Klimaerwärmung und der internationale Warenhandel führen jedoch dazu, dass sich in der Schweiz zunehmend neue Krankheitserreger ansiedeln und ausbreiten können (siehe auch Invasive Arten).

Besonders gefährliche Organismen für den Wald, die in der Schweiz noch nicht verbreitet sind, werden als Quarantäneorganismen klassifiziert. Es gelten spezielle Vorsichtsmassnahmen und eine Meldepflicht. Ein Beispiel ist Phytophthora ramorum (Plötzliches Eichensterben), die verschiedene Gehölzpflanzen befallen kann. Einmal eingeschleppt, können sich gefährliche Krankheiten rasch ausbreiten, wie das Eschentriebsterben gezeigt hat. Wir können solche Organismen sowie die Möglichkeit zu ihrer biologischen Bekämpfung unter Hochsicherheitsbedingungen in unserem Pflanzenschutzlabor untersuchen. In diesem Rahmen betreiben wir ein modernes Diagnostiklabor und überwachen das Auftreten von gefährlichen Waldkrankheiten.

Die WSL hat zwei spezielle Forschungsgruppen für Baumkrankheiten:

• Waldschutz Schweiz, das Schweizer Kompetenzzentrum für Waldschutzfragen, diagnostiziert Forstschädlinge, informiert und berät.
• die Forschungsgruppe Phytopathologie erforscht Krankheiten von Gehölzpflanzen unter sich verändernden Umweltbedingungen und entwickelt biologische Bekämpfungsmethoden (siehe auch Natürliche Feinde).